La pulizia è un fattore essenziale che è critico da assicurare l'efficacia biologica del gabinetto di sicurezza. Aiuti di pulizia regolari mantenere pulizia, riducente la diffusione potenziale delle particelle nocive, i batteri ed altri contaminanti.

I materiali utilizzati nella costruzione dei gabinetti di sicurezza biologici devono essere resistenti alla corrosione, facili da pulire e non porosi impedire la crescita batterica. I materiali devono anche essere abbastanza durevoli resistere alle procedure richieste di decontaminazione e di pulizia.

L'intero BSC deve rispettare le norme internazionali specificate, compreso l'iso 14644-1 e EN1822. I gabinetti devono essere collaudati regolarmente e la documentazione adeguata di prove e di pulizia dovrebbe essere disponibile su richiesta.

La pulizia ed i materiali utilizzati nella costruzione del gabinetto è uno dei fattori più essenziali nell'assicurazione il successo e della sicurezza degli esperimenti che sono eseguiti.