I sistemi di HVAC richiedono l'uso dei filtri assicurarsi che l'aria rimanga pulita ed esente dalle particelle nocive. Ci sono parecchi tipi di filtri disponibili, compreso i filtri meccanici, filtri elettrostatici e filtri da HEPA. I filtri meccanici usano una barriera fisica per catturare le particelle, mentre i filtri elettrostatici attirano e tengono le particelle attraverso una carica elettrostatica. I filtri da HEPA sono il più efficiente e possono catturare le particelle piccole quanto 0,3 micron.

Il livello di pulizia di sistema di HVAC si riferisce alla quantità di aria pulita che è consegnata ad uno spazio. È misurato nei rinnovi d'aria all'ora (ACH), che è il numero di volte che l'aria in uno spazio completamente è sostituita all'ora. ACH raccomandato per gli spazi commerciali è intorno 4-6, mentre ACH per gli ospedali ed i laboratori può essere alto quanto 12-15.

Nel progettare un sistema di HVAC, è importante considerare i fattori quali la dimensione dello spazio, il tipo di occupazione ed il livello previsto di inquinamento atmosferico. La progettazione della canalizzazione e la disposizione adeguate dei registri di aria sono inoltre considerazioni importanti. Il sistema dovrebbe essere destinato per fornire anche la distribuzione di aria in tutto lo spazio e per impedire l'accumulazione di aria stagnante.